Ngày nay, việc số hóa dữ liệu cho ngành y tế không còn là cụm từ xa lạ. Số hoá dữ liệu trong ngành y tế góp phần nâng cao chất lượng khám, chữa bệnh, tăng cường quản trị hệ thống bệnh viện; hội nhập với thế giới và đáp ứng phương châm “lấy người bệnh làm trung tâm”; “an toàn và hài lòng người bệnh” Tuy nhiên, số hoá dữ liệu trong ngành y tế hiện nay đang gặp phải một số khó khăn nhất định:
Phó Giáo sư, Tiến sĩ Lương Ngọc Khuê, Cục trưởng Cục quản lý Khám, chữa bệnh (Bộ Y tế) cho biết, đẩy mạnh số hóa trong lĩnh vực khám chữa bệnh là một nhiệm vụ quan trọng của ngành Y tế trong giai đoạn hiện nay; đặc biệt là trong phòng, chống dịch COVID-19 tại bệnh viện. Số hoá dữ liệu cho ngành y tế cần lưu ý một số chú ý sau:
- Đảm bảo tính pháp lý theo quy định của pháp luật
- Đảm bảo thông tin an toàn, bảo mật
- Có thể cập nhật thông tin mọi lúc mọi nơi
- Việc số hóa phải đảm bảo cải cách thủ tục hành chính trong các bệnh viện như đặt lịch khám, chữa bệnh, quản lý người ra, vào bệnh viện, quản lý hệ thống trong bệnh viện như quản lý thuốc, vật tư tiêu pháp, trang thiết bị, nhân lực,..đễ dàng sử dụng và quản lý

Việc số hoá dữ liệu cho ngành y tế vẫn còn nhiều hạn chế phải vượt qua như:
- Hạ tầng công nghệ thông tin (CNTT) còn hạn chế, phần mềm ứng dụng, hạ tầng mạng và phần cứng ở các cơ sở y tế chưa được đầu tư đúng mức đáp ứng nhu cầu chuyển đổi số.
- Phần lớn cơ sở y tế chưa có trung tâm dữ liệu đạt chuẩn theo quy định, chỉ có phòng máy chủ. Các cơ sở y tế chủ yếu dùng máy chủ để lưu trữ dữ liệu ít khi có hệ thống lưu trữ chuyên dụng, hệ thống máy chủ chưa đủ mạnh để vận hành hệ thống phần mềm và chưa có cơ chế hoạt động song song trong hệ thống vận hành xuyên suốt.
- Hệ thống mạng cũng chưa được đầu tư đúng mức, một số cơ sở y tế còn dùng các thiết bị mạng dùng cho gia đình mà không trang bị các thiết bị mạng chuyên dùng, do đó chưa đáp ứng đủ lưu lượng về băng thông cũng như bảo đảm tính ổn định của hệ thống.
- Các hệ thống phần mềm quản lý thông tin trong bệnh viện chủ yếu được xây dựng theo yêu cầu của từng bệnh viện, kiến trúc kỹ thuật đặc thù riêng, không thống nhất trục thông tin quản lý bệnh viện chung… Dẫn đến, công nghệ sử dụng trên phần mềm lạc hậu, khó khăn khi ứng dụng chữ ký số để thực hiện các quy trình nghiệp vụ trên môi trường số hoặc không bảo đảm được tính toàn vẹn dữ liệu
Để triển khai thành công cuộc số hoá dữ liệu cho ngành y tế thì cần sớm thay đổi các quy định liên quan hồ sơ lưu trữ, phương pháp quản lý và thói quen làm việc của cán bộ nhân viên và cán bộ y tế. Ngoài ra, cần tuyên truyền cho người dân ủng hộ việc tiếp cận thói quen sử dụng mới, công nghệ hiện đại giúp người dân thuận lợi hơn và giúp rút ngắn thời gian chờ khi sử dụng các dịch vụ y tế.